Основное назначение хвойной муки — дополнение к корму с/х животным и птицам (5% от рациона). Она является хорошей поливитаминной добавкой.
Применяют также хвойную муку для пчел как средство борьбы с клещом Варроа. По сравнению с химическими препаратами она абсолютно безвредна и дает 100% результата, а после обработки химикатами клещи возвращаются примерно наполовину. Хвойная мука служит хорошим окислителем, поэтому ее используют в качестве подкормки для растений, любящих кислые почвы. Хорошие результаты дает опрыскивание раствором хвойной муки комнатных растений от паразитов, рассады цветов и всходов.